In september 1981 had op de basis een speciale plechtigheid plaats naar aanleiding van het officiële en definitief afscheid van de nautische school. Na 23 jaar alhier te zijn gevestigd is die verhuisd naar de marinebasis te Zeebrugge. Dit was het definitieve einde.
In 1980 werd voorgesteld de basis te verkopen waarbij het dok door het ministerie van Openbare Werken zou worden omgebouwd tot jachtdok.
De IJzermonding werd aangepakt in het kader van de natuurbescherming en het natuurherstel. In december 1980 werd het ecologisch waardevolle gedeelte (de kreek van Lombardsijde, de resterende strook slikken en schorren langs de IJzergeul en de opgespoten terreinen, in totaal ongeveer vierendertig hectare) voorlopig gerangschikt als beschermd landschap. De definitieve rangschikking volgde in april 1981. Op hetzelfde moment werd ook gewerkt aan een biologische waarderingskaart, waarbij de slikken en schorren samen met het militaire domein als ‘biologisch zeer waardevol’, en een gedeelte van de opgespoten terreinen als ‘biologisch waardevol’ werden aangeduid.
In 1984 kreeg een deel van het gebied de status van RAMSAR–gebied (waterrijk gebied van internationale waarde) en begon het Ministerie van de Vlaamse Regering met het opkopen van alle private enclaves om zo een natuurreservaat van ongeveer dertig hectare te creëren. In 1988 werden delen van de site aangewezen als Vogelrichtlijngebied en werden de RAMSAR-gebieden aangeduid als Europese ecologisch gevoelige zone. Vervolgens werd in 1994 het duindecreet van kracht en werd de hele site gerangschikt als beschermd landschap. In 1995 werd de bestemming van de voormalige marinebasis gewijzigd van gebied voor publieke doeleinden naar natuurgebied met wetenschappelijke waarde en werd een bijkomende bescherming opgelegd als Habitatrichtlijngebied. Ten slotte werd de site op 3 maart 1999 aangeduid als Vlaams Natuurreservaat.
Vanaf 1993, toen de marinebasis plots te koop werd aangeboden, werd in uitvoering van het Plan Zeehond grootschalig natuurherstel opgestart. De basis had op dat ogenblik geen bestemming op het gewestplan en men kon er alle kanten mee uit, zodat verschillende wilde plannen werden gemaakt, waaronder de bouw van een tweede Nieuwpoort-Bad, of de omvorming van de marinehaven tot jachthaven. De natuurverenigingen ijverden voor natuurherstel, wat uiteindelijk ook doorgang vond. In 1998 werd de basis overgedragen aan het Gewest en kon het herstelwerk beginnen.
Een gebied van ongeveer vijftig hectare natuurlijke duin-, slikken- en schorrenmilieus werd hersteld. De marinebasis werd afgebroken en de opgehoogde terreinen werden terug afgegraven.
Tijdens de eerste fase van de droge werken, van september 1999 tot januari 2000, werden de gebouwen, de betonnen wegen en de ondergrondse leidingen afgebroken.
De tweede fase, van september 2000 tot maart 2001, omvatte de natte werken: verwijderen van betonnen pijlers en dwarsbalken en van de oeverversteviging. Ook werd een enorm bodemvolume afgegraven.
Tijdens deze fase werd de oppervlakte slik, schor en duin vergroot tot een veelvoud van het voormalige restant, en kreeg de overgang tussen elk milieu terug zijn natuurlijk patroon.
De derde fase bestond uit het afgraven van tweehondervijftigduizend kubieke meter baggerslib. Naast deze eigenlijke herstelmaatregelen werden ook de havendokken gesaneerd om een betere brakwaterkwaliteit te bekomen.
Het recreatieve karakter versterken was eveneens belangrijk. Het wandelpad werd heraangelegd en het laatste restant van de oester- en mosselkweek op de rechteroever van de kreek van Lombardsijde, het ‘Mosselkot’, werd met de grond gelijk gemaakt. Dit om plaats te maken voor een educatief amfitheater, waar men zal kunnen kennismaken met de fauna en flora van het herstelde natuurgebied.
Gebied na de afbraak.